Котор расположен в юго-восточной части Бока-Которского залива, у подножия горного хребта Ловчен. Город расположился в основном вдоль береговой линии и в долине у склонов холма, достигающего в высоту 260 метров. Площадь Которского муниципалитета составляет 355 кв.км. 

Бока-Которский залив («Бока Которска», итал. «Bocche di Cattaro»), одна из наиболее вдающихся вглубь материка частей Адриатического моря. Он состоит из нескольких малых заливов, соединенных между собой неширокими горловинами, вместе составляющих одну из лучших природных гаваней Европы. Долгое время существовало убеждение, что залив представляет собой фьорд, благодаря чему за ним закрепилось и до сих пор используется, прежде всего в туристической сфере, именование «самый южный фьорд в Европе». Однако согласно современным научным изысканиям, считается что Бока Которска представляет собой остатки от существовавшего здесь некогда речного каньона. В июле 2000 года Бока Которска была включена в перечень двадцати пяти красивейших заливов мира (остальные заливы из этого списка находятся в основном в скандинавских странах)